In insgesamt sechs Programmbereichen (PB) wird an der HSFK geforscht:
PB I: Sicherheits- und Weltordnungspolitik von Staaten
PB II: Internationale Organisationen und Völkerrecht
PB III: Private Akteure im transnationalen Raum
PB IV: Herrschaft und gesellschaftlicher Frieden
Die Programmbereiche I bis IV widmen sich der Bearbeitung des laufenden Forschungsprogramms "Just Peace Governance".
Programmbereich VI "Programmungebundene Forschung" umfasst die beiden Forschungsgruppen "Politische Globalisierung und ihre kulturelle Dynamik" und "Normativität im Streit: Normkonflikte im globalen Regieren".
Programmbereich V "Information und Wissenstransfer" hat den Auftrag, die Erkenntnisse der Friedens- und Konfliktforschung in der Öffentlichkeit und der politischen Bildung und Politikberatung wirksam werden zu lassen.